最新分析
2025年04月18日
合作项目，需要用到CCI分析
单细胞数据，CCI细胞互作绝对算得上最fancy的一个板块了，大量研究表面，细胞间的相互作用决定了细胞的功能，从而与表型和疾病直接相关。
这是个prostate cancer的项目
用的小鼠数据，有single-KO，相当于早期的PC或者接近Normal，还有Triple-KO，相当于成熟态的PC，KO就是多少个抑癌基因的缺失。
我的分析的逻辑是，先找到mature PC里高表达的基因，NEPC是其特异的cell type
我需要做Cellchat分析，只需要做三个well known的celltype即可，已经有很多已知的CCI，我们要找novel的。
局限性：mRNA始终只是表达的数据，mRNA的表达也许与ligand的分泌和receptor在细胞膜上的表达相关，这是这个CCI分析最强的一个假设。
我猜，这个假设在50%的情况下可能是错的，所以，一定要做实验验证。
代码参考：http://localhost:17449/lab/tree/projects/collaborate/JingjingChen/public_GSE_singlecell.ipynb
历史记录：http://localhost:17449/lab/tree/shared_dataset/zhixin/1_all_integration/cellchat.ipynb
参考：
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