2025年01月08日
新的探索
gepia2的Python包无法使用，没法通过API得到数据
突然发现DEG列表可以全部导出，http://gepia2.cancer-pku.cn/#degenes，设置一下阈值即可。
我发现有极个别基因，如NME2，log2FC是相反的，跟我自己手动做的，不知道是为什么。绝大部分基因的相关性还是很强的。参考：http://localhost:17449/lab/tree/projects/public_resources/public_DB/DepMap-CRC-org-viability-screen.ipynb#muanual-vs-gepia
检查了一个spatial的数据，我还是更相信gepia的结果。
这个功能GEPIA2已经实现了，http://gepia2.cancer-pku.cn/#dataset
但问题是它的数据不能导出，原图太丑，不能直接发表，那就没办法了，只能自己下载数据作图了。
TCGA数据可以批量下载
GTEx数据也很容易下载
但如何把TCGA的cancer type比对到GTEx特点组织 ，还是有点难度的。
有些cancer没有对应的正常组织，有些正常组织也没有对应的癌症。
最终终于在这里找到了对应的表。
注意：
其实UCSC Xena已经把整合的数据整理好了，这里可以直接下载，省去了大量的curation的时间：
奇怪的点：
小常识：TARGET data is intended exclusively for biomedical research using pediatric data
这是儿科的数据，可以过滤掉。
参考：http://localhost:17435/notebooks/data_center/public_DB/TCGA-GTEx-all-Cancers.ipynb
参考：
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