生信全栈，最后一栈肯定就是蛋白了，做到下游离不开蛋白。
PyMol的定位是什么，一句话就是：蛋白结构的操作的工具箱，瑞士军刀，但本身没有什么高级的分析。
如果你要做结构预测，那就用alphafold
如果要做docking，就用其他工具
如果要做MD，也要有对应的工具
但做完任何结构的分析，最终都要导入到PyMol里进行分析，因为这个工具就是用来处理蛋白结构文件的。
PyMol提供命令行输入，类似SQL语句，非常适合批量操作，也很geek。
基本的选择，改变颜色
# 改变PyMol里SOX9某个片段的颜色 color red, SOX9 and resi 98-181 # 改变BAF里nuclesome的颜色 select baf_subunits, BAF and chain A+G+D+B+C+E+F+H color grey, baf_subunits select SOX9, SOX9_AF and chain A color orange, SOX9 # 改变DNA颜色 select dna, resn DA+DT+DG+DC color pink, dna select B1, BAF and chain M color green, B1
改变显示方式
# BAF改为surface显示 show surface, BAF color skyblue, BAF set surface_quality, 1 set transparency, 0.2 # 让它稍微透明点 hide surface, dna show cartoon, dna save SOX9_BAF_B1.pse
提取溶剂暴露区
# 溶剂暴露区
cmd.get_area("B1", load_b=1)
select exposed_residues, B1 and b > 20
color white, exposed_residues
# BAF 复合物表面中“可能用于结合”的区域
cmd.get_area("B1", load_b=1)
select surface_residues, B1 and b > 1
select exposed_protein, surface_residues and polymer.protein
color white, exposed_protein
save exposed_patch.pdb, exposed_protein
hide surface, B1
show cartoon, B1
# 提取保存蛋白序列
save exposed_patch.pdb, exposed_protein
多序列比对
# Clustal Omega #------------------------------- select B1_DNA, dna or histones or B1 save B1_DNA.pdb, B1_DNA
alphafold预测结构
----- util.cbc load alphafold/SMARCB1_FL_unrelaxed_alphafold2_multimer_v3_model_1_seed_000.pdb, alpha_B1 align B1, alpha_B1 super B1, alpha_B1 color red, alpha_B1 save B1_PDB_AlphaFold.pse
神器的结构对其，非常有用
------- # select chain select B1, chain B select SOX9, chain A select true_B1, chain M # aligh two B1 s super B1, true_B1 align B1, true_B1 color red, SOX9 save first_trial_align_SOX9_B1.pse select SOX9_HMG, SOX9 and resi 98-181 color blue, SOX9_HMG
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