GTK3 3.12 之后强制开启了CSD(Client-Side Decoration)，其实这个feature挺好的，但是在平铺式窗口下，GTK3程序的窗口边缘出现了大块留白，极其难看:

貌似引起问题的原因是CSD接管了窗口阴影的渲染，窗口管理器就把阴影边缘包括在窗口之内了， 经 @xiaq 提醒，不开compton/xcompositor后由于直接不支持阴影了所以就没有这个问题。 但是这样的话窗口透明也就没有了。

一个解决方式是修改GTK3的样式，编辑（或新建）~/.config/gtk-3.0/gtk.css，加入以下内容:

.window-frame 
{  
    box-shadow: none;  
    margin: 0;
}

Done.