叙事结构通过各周目呈现给玩家的，是不同人眼中的真相。这些真相是有一定的高下、真伪之别的，但并不是非黑即白、截然对错的关系。

又包括一开始主角接触到的休水村的“负典”。特征是基本完全相信传说，认为村子是非常特殊的、全面被神灵统治、与外界有着本质性的不同。至少在起雾的特殊时期，生活在浓厚的神异现象之中，同时与现代社会极其相异和隔绝，神迹随处可见（比如黄泉人的归来、不物忌就会被污染致死、被狼神选中就会性情大变残忍杀死亲人）。这个世界观下，“神秘”是满级的。

狼人被告知的“正典”，与大众迷信层面完全对位，但基于相反的传说。因此少数人（2-3个狼人）认为自己掌握着“真实的真理”。在理性、并非精神受控的状况下，作出更加有悖于常理和人性的行为（如毫无心理负担的残杀亲人），因为价值观受到了根本的扭转。 这个世界观下，“神秘”理论上与第一层是相同的。但是，因为“正典”与“负典”同时出现，产生了风俗的相对性，这引发了同时经历了两者的主角的思考和怀疑，这导致了“祛魅”的开始。

经过多次轮回后，主角开始追寻申奈信仰的历史源头和发展，从中获得了大量的真相。这是民俗学和神话学的历史主义研究方式。 尤其揭示出，在前现代（中古到近世）的黄泉忌之宴，其实神秘属性是大大低于现代的，更多是政治统治的手段。其神秘属性，很多是进入现代（明治时代及以后）后，附加上的，并在这个过程中强化了其与中古起源神话的联系。 在世界上，确实很多神话和风俗都是这样”新编的历史神话”，即对本来非常朴素的历史传说的重编、赋魅，譬如浪漫主义时期的“德意志神话”（瓦格纳的戏剧）、民族国家形成期大量东欧国家的神话等等。 这是启蒙后“祛魅”的路径。当这个根源被挖掘时，“神秘”降到了很低的程度。

在历史真相被挖掘的最后，主角对黄泉忌之宴提出了一个纯粹的科学解释。不存在任何灵异现象，一切看起来诡异、不合理的成分，都可以在剔除所有超现实内容后，得到解释。 这时，“祛魅”达到顶点，“神秘”近乎降到了零。 不仅“宴会”小春身上的“古神”，也同样有了“历史主义”的解释（小学时三位朋友们做的装扮）和“科学”层面的解释（心理学上，心理创伤形成的人格表演）

可以认为，以上各层，都是站在现代的角度上的层面，也就是文明和“神灵”彻底分离之后的视角下对世界观的划分，以科学主义为尽头。 在走到这个节点后，主角又重新从神话信仰的角度，梳理了藤良和休水的历史。 这是在现代性之前的、属于神灵信仰的三个“古层”。

在小春身上出现的神灵，是申奈地区最早的古神，申奈山作为纯粹自然的化身 这时猎人们刚刚在这个区域定居，山对他们来说，是完全不可控的、恐怖的自然，又是丰富猎物的馈赠者，是强大的令人敬畏而不可知的存在，是两面都非常激烈的一体两面。

这是人类信仰最古老的形式，纯粹自然，同有善恶的两面。更确切的说，还没有善恶的概念，只是慈悲相、忿怒相的双面。这也与神道的一灵四魂以及佛教等日本传统观念相合。 这是人类文明完全不可触及的，也是完全处于语言秩序之外的。

所以这位神灵并未自称“山神”或者“申奈山神”，而是自称“神灵”。神灵只是一个“类型”而非个体的名字，也暗示了这位神灵的“不可言说”。

最终主角揭示出了，在传说中反复出现的一家三口的狼神，其实是被献祭为“人柱”的一家人类。献祭的目的，是为了控制山神信仰中最可怕的表现——狼群。 这是文明中接下来的信仰方式，通过献祭，将死者神化，并以此控制自然的力量。控制自然，也意味着对完全自然神的力量的剥夺，于是人柱成为新的山神——取代纯粹自然的“神灵”，而后者反而降格为辅助狼神的“貉神”。

这时候，狼神已经部分的处于语言秩序（文明）之内了，并且有了“善”的属性。但它仍有很大一部分是根植于“自然”的。可以认为，它是从自然而来，进入语言秩序中的神灵。

到了申奈明神出现的时代，这位新的申奈山神已经几乎完全不具有“自然”属性，而是完全通过教义等语言秩序“创造”出来的、纯粹文明的产物。 所以这位神灵完全属于文明，几乎是全“善”的，但也几乎完全没有和“自然”的联系。小春和主角都称之为“伪神”，也是这个原因。因为若失去和自然的联系，也就纯粹是言语编造的产物了。

申奈明神将狼神贬抑为随从，而后又有了屠狼神话、将狼与黄泉联系。这在表层上藤良政治统治的需要，在里层里则同时蕴含着文明对自然的征服与隔离。 从此“自然”不再与“文明”共处，而是被隔绝于文明之外，成为被贬抑、防范并试图杀死的对象。 而黄泉狼的传说，则象征着自然是无法被彻底杀死的、它仍然始终文明的边界上不断拉扯。

属于近世文明的藤良村，将“神灵”的概念完全包揽在“文明”（语言秩序）中、将文明之外的视作恶的、不详的存在；而主角和记者们代表的现代社会，则是将“神灵”完全排斥在文明（语言秩序）之外、同时否认一切文明之外的存在。

所以，两者看似对立，但本质上都否定了源自“自然”的真正的“神灵”。

而最后，主角的弑神仪式，从根本上否定了申奈明神（古层三），又从神话角度迭代了狼神（古神二），最终迎回最古层的“神灵”。 这可以视作一种对（更广意义上）现代性的反思，真诚意义上与自然共处的思想。 村民这位古神建造神社，进行供奉，也就是这位“纯自然”的神灵，也同时要与“文明”共处。 某种意义上，这是当下这个时代的思想。

对于“神灵”的存在方式，故事中也既提出了其属于“文明”的层面（人心中的“正当性”、人群的共识），也提出了语言秩序之外即“自然”的层面（如生命体一样增长，以及具有一定独立的力量），这也是一种“与自然共处”的思路。

如果只有前者，就会落入和申奈明神无异的“将神灵完全归于文明”的伪神和傲慢，或者一个“设定中有精灵和矮人种族唯物主义故事”。

幸好不是，所以本作是一部“从神话内部写神话”的佳作。

这里反复说的“自然”是什么呢？引用游戏中的说法，自然是山，是黄泉，是未知，是阴影，是无意识，是文明和语言无法触达的部分。

那么，“神灵”是什么呢？

想起隈研吾说，所谓“建筑”，是秩序从无序中浮现的那一瞬间。

而“神灵”，我想，就是从文明瞥向自然的那一瞬间的敬畏和战栗吧。

蜘蛛家的故事，是一个更早的古层，以后有机会单独讲吧。

要点：《古世记》、日本的集体精神深层、黄泉大神与伊邪那美、捕梦网、澳洲原住民的梦创时代、“大母神”原型、柏拉图《蒂迈欧篇》对于“场所”的母亲比喻、仪式的原理。