在网上查了半天终于解决,原来是权限不够,方法如下:
MYSQL 5.0.27
配置MySQL的安装路径
./configure –prefix=/usr/local/mysql
make
make install
配置、编译和安装完成之后 
useradd –d /usr/local/var mysql
chown -R mysql.mysql  /usr/local/mysql
./mysql_install_db对数据库进行初始化
然后启动mysql服务
./mysqld_safe &
 
最后验证mysql服务
./mysqladmin version 若正常，应该显示版本等参数
 
设置mysql的root密码
./mysqladmin –u root password ‘xxxx’

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