DeSantis sagte, es seien »viele gefährliche Leute« über »Alligator Alcatraz« abgeschoben worden. Nach seinen Angaben wurden insgesamt mehr als 22.000 Insassen durch das Zentrum geschleust. Die Einwanderungsbehörde ICE hatte die verbleibenden Migranten zuvor in andere Einrichtungen verlegt und dies mit der bevorstehenden Wirbelsturm-Saison begründet.

Umweltschützer und Ureinwohner vom Stamm der Miccosukee kritisierten zudem, die Einrichtung bedrohe das Ökosystem der Everglades. Sie gingen juristisch gegen das Abschiebezentrum vor und wollen weiterhin einen vollständigen Rückbau erreichen. Eine entsprechende Klage war im September 2025 allerdings gescheitert. Umstritten waren auch die hohen Kosten von geschätzt mehr als einer Milliarde Dollar (rund 880 Millionen Euro).