按 id>上次已处理的 id order by id limit 1000 ，从前到后批次查询、处理、批次写入（批次大小可以设置 1000 左右）。

如果有必要，单个批次可以加事务。
每个批次间可以加点 sleep 控制处理的 tps 。
每处理 10 万条记录写个日志，以便确认运行状态，成功、失败、异常都加上对应日志。

数据库性能够的话，一天处理个两三亿数据没什么问题。

如果可能分多次跑，记得把已处理的 id 记在某人地方，让下次运行时可以指定对应的值。