萨拉星系之乱：

萨拉星系本是联邦边缘一个荒芜的殖民星系，只是联邦不断扩张的势力范围边缘上一小块粗陋的地盘，然而与其它类似的星系相比，萨拉星系有一个显著的特征：它拥有两颗可殖民星系而不是一颗。周萨拉在恒星系的外围也略小一些，发配到这儿的大多是囚犯与非主流宗教的信徒，而玛萨拉则以丰富的矿物资源支撑着成千上万探矿者的生活。就这样一个联邦边缘行省却成为了人类与外星种族接触的第一线。 2499年12月12日，神族的战舰忽然出现在联邦周萨拉星球上空，毫无征兆地摧毁了周萨拉，这时人类殖民者才第一次意识到他们在这个宇宙中并不孤独。

当然边缘星系的毁灭丝毫不会影响联邦的统治，联邦的救援计划也仅存在于被篡改UNN报道以及看似有序的调兵遣将中，但玛萨拉星球上的居民却是正处于异虫血淋淋的威胁下。此时，当地治安官吉姆·雷诺因带领民兵摧毁了被感染的指挥中心被埃德蒙·杜克囚禁在玛萨拉北极高空轨道的梅里马克号监狱船上。在萨拉·凯丽根（蒙斯克杀父仇人，在被蒙斯克救下后对蒙斯克效忠）的引荐下迈克·利伯蒂与蒙斯克做了笔交易——以自己的宣传稿换取雷诺的自由，毕竟雷诺在安瑟姆小镇救过自己一命，用迈克自己的话说“雷诺是我这段时间见过最正直的人”。联邦对玛萨拉的弃之不顾使得玛萨拉居民在吉姆·雷诺和司法官（玩家扮演）的带领下纷纷加入了恐怖组织首领阿克图尔斯·蒙斯克麾下。蒙斯克还为雷诺的手下取了一个非正式的名字“雷诺的游骑兵”。

在异虫入侵造成的混乱中，蒙斯克派遣雷诺一行人趁乱潜入联邦位于玛萨拉的雅各布军事基地窃取其中的机密文件和武器图纸，然而基地中与异虫的遭遇不得不使雷诺一行人怀疑联邦与萨拉星系之乱有什么联系，对此蒙斯克回应到自己早在一年前就见过它们，这很有可能是联邦在边缘星球进行的生物实验。同时被窃取的机密文件中包含着扭转战场局势的秘密。回到海伯利安号，蒙斯克滔滔不绝地控诉着联邦犯下种族屠杀的滔天罪行，窗外环绕行星的光环一片冰蓝色的闪光过后，金色的母舰被蛾子一样的小飞船簇拥着，一些像蝙蝠一样的金属飞行物与较大些的飞船编成队形，一切都宣告着神族的到来……

安提卡主星之围： 两天后，一个陌生的红褐色星球出现在蒙斯克的观察舱——安提卡主星，同样是联邦边缘殖民地，只是比玛萨拉更加厌倦了联邦统治。蒙斯克希望雷诺能与萨拉·凯莉根会合一同帮助安提卡人民推翻联邦统治，但棘手的是在玛萨拉事件发生后联邦加强了对当地的统治并派遣了一个阿尔法中队的小组担任保卫任务，而领导他们的正是迈克的老朋友埃德蒙·杜克将军。

雷诺负责消灭联邦的地面部队，凯莉根解决了驻守的联邦军官。两人很快解决了安提卡上的阿尔法中队，安提卡义军与克哈之子结成同盟。杜克试图平定这场叛乱，但他的舰队旗舰诺拉德二号被虫群击落，坠落地点遭到虫群重重包围，绝望的杜克将军只好通过公开频道向塔桑尼斯总部求救，求救信号被克哈之子截获，蒙斯克以收编杜克为由下令雷诺和凯莉根前去营救。快速穿行在平地上的救援部队混杂了雷诺的游骑兵、克哈之子成员、安提卡义军和投降的联邦军队，整颗星球已被虫群包围，等待它的命运只有毁灭。诺拉德二号的指挥室里，杜克任然蜷缩在他的作战服里指挥着早已分崩离析的联邦军队，在蒙斯克的威逼利诱下杜克也归附了克哈之子。但并非每一个人都同意拉拢杜克的决定，无论是利伯蒂、凯莉根都一度认为蒙斯克“疯了”，雷诺虽然相信蒙斯克推翻联邦的目的但还是为蒙斯克的不择手段感到担忧。

在杜克的帮助下克哈之子成功破译了他们从玛萨拉上窃取的武器图纸,上面记载的正是联邦利用幽灵特工将异虫引诱到指定地点的装置——灵能发射器的原图。灵能发射器可以通过放大幽灵特工的脑波吸引数光年内的异虫，萨拉星系的异虫入侵、联邦基地里的异虫变得豁然开朗。联邦本只想找来一些跳虫，然而却玩火自焚找来了一整个异虫社会组织，结果失去了控制，现在同样的事在安提卡主星上发生着。

按照武器图纸，克哈之子制造出了灵能发射器，迈克·利伯蒂与萨拉·凯莉根在炮火与菌毯上穿行，最终将灵能发射器安放在联邦基地然后启动了它。异虫很快吞噬了地面上的联邦部队和没来得及撤走的叛军。凯瑞根表示：“我们以后绝不再做这种事了。”殊不知这只是一系列疯狂的开始。这场屠杀的主谋始终坚持他的说法：“我们的职责是庄严崇高的，不要过分拘泥小节。无论如何，我们这样做是为了拯救更大多数人。”休伯利安号观察舱的屏幕上，代表联邦的黄色三角正在被代表异虫的红色三角消灭殆尽，冰蓝色三角出现在屏幕边缘，圣堂武士塔萨达尔带领的神族部队投入战斗，他们出动的地面部队惊艳了在场的所有人，他们以极少的数量和远超异虫的单兵作战能力与异虫打得有来有回，人类这才意识到虫族是可以在地面被打败的。无论是联邦还是神族都无法拯救这颗满目疮痍的星球，利伯蒂转过身向电梯走去留下蒙斯克一个人欣赏他的杰作。

塔桑尼斯之战与刀锋女王的诞生：

十天之后，蒙斯克的部队打进塔桑尼斯城内，在人口稠密的商业区与联邦展开巷战。雷诺的突击队在中央广场上与阿卡尼特坦克分队陷入苦战损失惨重，迈克本想请求撤退却因为联邦的干扰器无法联系休伯利安号。凯莉根的及时支援解决了雷诺对面的联邦分队，利伯蒂顺势提议前往他的老办公地点——UNN广播大楼，使用它的通讯线路联系休伯利安号。，得益于备用发电机与地下线路，利伯蒂成功联系上了撤离部队后者让他们30分钟后到四个街区外的指定地点集合。利伯蒂想起了UNN地下室储存着他前老板汉迪·安德森搜集的塔桑尼斯各个大人物的黑幕，为寻找异虫与神族的材料，利伯蒂请求凯莉根尽可能帮他多拿走一些资料以便不时之需。凯莉根以她通灵者的身份始终不肯相信蒙斯克会再次使用灵能发射器，而从撤离飞船上下来的一群技术兵和幽灵特工彻底粉碎了她的幻想。

塔桑尼斯攻防战的最后几天里，雷诺、杜克、凯莉根、利伯蒂、蒙斯克平日里相互积攒的不满与厌恶因为灵能发射器的启动相继爆发。面对凯莉根的质问，蒙斯克也丝毫不隐藏自己的真实意图——为了人类的大业不顾一切代价，无论是自己人还是敌人，此时的蒙斯克距离权力巅峰仅有一步之遥，他只需用自己的花言巧语和铁血手段再将这个联盟维持一小会儿。神族来得比蒙斯克预料的要快，异虫在对联邦的攻势上有所减弱，蒙斯克想到了此时联邦的权力核心可能乘机而逃，使他们的努力功亏一篑，情急之下蒙斯克只好派凯莉根和神族的先头部队交战，使联邦被紧紧地握在异虫手中。雷诺在劝说蒙斯克无果后，决定相信凯莉根能独自面对凶残的虫族。也就是这次争辩中诞生了蒙斯克的那句名言：“ 没人能阻止我，联邦不能，星灵不能，任何人都不能，我会统治这片星区，或是看它化为一片焦土 。”

凯莉根最终没能冲出重围，面对天空中盘旋的虫群她放下了手中的武器。可虫群却对被俘虏的凯莉根另有打算。不久后，在虫族孵化室中，一只带有暗绿色的手向前伸去，角质一样的刺从肉里向外截出，奇特的脓液和新的机体在表皮下盘绕滑行，这只手曾经属于一个人类，而她现在已经通过虫族的改造服务于更高的意识。此人曾经是蒙斯克手下的首席幽灵特工，现在她有了一个新的名字——刀锋女王！塔桑尼斯之战结束后，星球化为废墟，埃德蒙·杜克在接下来的战争中不断败北，雷诺与他的手下劫走了休伯利安号，迈克·利伯蒂以笔为矛继续支持正义的事业，凯莉根成为了新一代的虫群主宰，而蒙斯克终于坐上了他孤独的王座，直到地球联合理事会远征军的到来，他的皇位才将面临新一轮的考验。

被遗弃的凯莉根