1939年9月17日夜，波兰第二共和国总统、总司令等核心政府人员根据《海牙第五公约》，准备在盟国罗马尼亚的帮助下穿过边界前往法国。但在德国的压力下，罗马尼亚不得不将他们扣押。为保证波兰领导集团不被一网打尽，莫希齐茨基在9月30日宣布辞职，并迅速任命在巴黎的政治家瓦迪斯瓦夫·拉奇凯维奇（Władysław Raczkiewicz）为下一任波兰总统。拉奇凯维奇深知责任重大，立刻团结在法国的波兰政治家建立联合内阁，波兰流亡政府建立。

11月2日，拉奇凯维奇下令解散两院议会。11月7日，被软禁在罗马尼亚的希米格维辞职，由瓦迪斯瓦夫·西科尔斯基（Władysław Sikorski）接任波兰武装部队总司令。希米格维知道自己必须为波兰战败承担责任，他没有远走他乡，而是在匈牙利和罗马尼亚逗留，在决定秘密返回波兰建立抵抗组织。但因为被软禁的经历导致他健康状况恶化，希米格维最后在1941年12月1日病逝，葬于华沙。

波兰流亡政府是根据国家宪法建立的，具有无可置疑的法统地位。流亡政府的意义重大，它证明了波兰政府没有被消灭，也没有投降，而是坚持抵抗的现实。在西科尔斯基的努力下，英、法承认了流亡政府的政治地位，但并不视其为主要盟友，也拒绝承认苏联为入侵者。在丹麦、挪威相继沦陷之后。5月10日，希特勒发动“黄色方案”入侵低地国家，对法全面开战。6月14日，德军进入巴黎。6月22日，亨利·菲利普·贝当（Henri Philippe Pétain）元帅在贡比涅森林签署投降条约。远强于波兰的法国，只比波兰多抵抗了一星期。

6月17日，波兰流亡政府决定应英国首相温斯顿·丘吉尔（Winston Churchill）之邀迁往伦敦。西科尔斯基也命令在法波军向英国撤退，但只有三分之一波军成功撤退。6月19日，西科尔斯基与丘吉尔会晤，承诺波兰军队会与英军并肩作战，直到战争胜利。

抵达英国后，波兰流亡政府与捷克斯洛伐克流亡政府比邻而居，很快捐弃前嫌，达成了政治和解。在英国保守党的推动下，捷流亡政府总统爱德华·贝内斯（Edvard Beneš）与西科尔斯基在1940年9月10日举行会议，商讨在未来可能达成的波捷联邦设想。11月11日，两国代表宣布将过去的争端化干戈为玉帛，在战后作为独立的主权国家建立更紧密的政治和经济关系。1941年1月，致力于推动波捷联邦的协调委员会建立。但贝内斯对波捷联邦并不热心，只是将其视为权宜之计，因为他在外交上更加亲苏，而波兰却将苏联也视为主要威胁。1943年，随着苏军节节胜利和波苏断交，贝内斯的立场开始更加靠近苏联，波捷联邦的谈判被有意拖延。当西科尔斯基意外身亡后，波捷联盟就彻底被放弃了，贝内斯彻底倒向苏联。1948年，捷共在苏联的支持下发动政变，以内战和苏联干涉为由逼迫贝内斯在6月下台，这就是后话了。

苏德战争爆发后，尽管苏联也在九月战役中入侵波兰，但西科尔斯基还是认为当前最主要的敌人是纳粹德国，并顶着反对派的巨大压力积极推动对苏和解。丘吉尔也是苏波和解的支持者，他正在筹划一个巨大的反德联盟，因此也在国际外交舞台为苏波重启谈判牵桥搭线。在丘吉尔的斡旋下，双方于1941年7月30日在伦敦举行谈判，并成功签署协议。苏联和波兰流亡政府确定重新建立外交关系，苏联废除1939年《苏德互不侵犯协定》，波兰也废除一切针对苏联的协议，两国约定共同对抗纳粹德国。同时还要在苏联建立一支波兰军队，这就是《西科尔斯基·迈斯基协定》（Sikorski–Mayski agreement）。

但是协议中对双方边界的阐述含糊不清，再加上这本来就是亲苏政治的产物，波兰流亡政府为此还爆发了内阁危机。然而这个可贵又脆弱的苏波战时同盟，很快就要分崩离析。西科尔斯基在1941年底访问莫斯科期间就对在苏波兰战俘与波方名单不符的问题提出疑问，苏方没有解释。后来，负责在苏联组建波兰军团的瓦迪斯瓦夫·安德斯将军（Władysław Anders）与斯大林谈话时对他当面询问波兰战俘问题，斯大林表示战俘均已逃脱。安德斯追问逃到哪里？斯大林勉强回答逃到了满洲，又急切地重申波兰战俘已经释放。波兰流亡政府有所察觉，对苏联持续追问，苏联的含糊其辞引向了一个惊天秘密。

相比由平民构成的“反革命分子”，被俘的波兰军人对苏联当局明显更具威胁，因此他们也遭到了最残酷的对待。由于两国政府尚未在外交层面上正式宣战，因此苏联方面没有将抓获的波兰官兵归为受到国际法保护的战俘，而是作为苏联认定的“叛乱分子”遭到了血腥屠杀。在九月战役期间就发生了多起苏军针对战俘的集体处决，共造成约2500名官兵和数百名平民丧。更多私自处决无法计算，最典型的例子就是9月22日苏军未经审判直接枪杀了约瑟夫·维尔钦斯基准将和他的副官。九月战役结束时，苏军大约管理着24万名波兰战俘，其中有125,000人被转移到环境更恶劣的NKVD劳改营与集中营，因为他们展现出更高的受教育程度和爱国情操。

以旧别利斯克战俘营为例，这里关押着九位将军、55名上校，127名中校，230名少校，约1,000名上尉，约2,450名中尉和中尉以及约50名平民。几乎一半的囚犯是预备役军官：20多位大学教授，毫无例外地都是波兰天然气研究所的科学人员以及波兰军备研究所的几乎所有人员，大约400名医生，几百名律师，几百名工程师，大约100名教师，大约600名飞行员，许多社会活动家，数十位作家和记者。但在NKVD的内部文件中，对他们统统概括为前军官、官僚、警察、宪兵、狱卒、罪犯甚至是地主。并认为他们都是苏联政权的敌人，是确凿无疑的“反革命分子”。起初战俘是乐观的，他们认为可能会被转移到一个中立的国家，最坏的情况是转移到德国，但实际上他们大多数人的归宿都是西伯利亚或中亚的集中营。

苏联在东欧制造的屠杀与同化事件并不只针对波兰，波罗的海三国与乌克兰也经受了同样的命运，只是相比波兰规模较小一些。在苏联所有的屠杀事件中，性质最恶劣，影响最深远的，莫过于卡廷森林惨案。从1939年10月到1940年2月期间，波兰战俘接受了漫长的审讯和政治煽动，苏联当局借此评估哪些人可以活下去，哪些人必须死。即便在这样的条件下，波兰战俘中的绝大多数都表现出了对祖国的绝对忠诚，这些人随后被记录在“苏维埃政权的死硬敌人”名册下。1940年3月5日，苏联总书记约瑟夫·斯大林、总理维雅切斯拉夫·莫洛托夫、国防部长克里门特·伏罗希洛夫、阿纳斯塔斯·米高扬共同签署命令，决定处决关押在西乌克兰与西白俄罗斯战俘营里大约25,700名波兰“民族主义者和反革命分子”。屠杀的动机不难理解，不论是针对未来复国的波兰或是苏联领土的波兰人，都有必要屠灭其军事和技术精英，以达到削弱未来波兰抵抗力量的目的。

1940年4月3日到5月19日期间，两万多位波兰战俘被分批次送达斯摩棱斯克郊外的卡廷森林附近，在此之前苏联对屠杀命令严格保密，以防止可能的反抗。在屠杀无法反抗者一事上，苏联展现出了不亚于纳粹德国的高效和冷酷。第一个步骤是检查受害者的个人信息，确认其身份后会绑住他的双手，带入一个隔音效果良好的密闭小室内。受害者被命令在小室中央跪下，而后刽子手会举起特制的德式瓦尔特手枪（作为嫁祸德国的证据）对准其后脑射击。而后将尸体搬到卡车上，清洗血迹，重复这一步骤。极具讽刺意味的是，屠杀在五一劳动节那天被暂停，可能刽子手也是某种意义上的“工人”。

遇难者被卡车运到森林里挖好的八个万人坑中集体填埋，在半个多月的大屠杀中，共有21,857位波兰官兵遇难。据不完全统计，卡廷屠杀的遇难者包括一位海军上将、两名陆军上将、24名上校、79名陆军中校、258名陆军少校、654名陆军上尉、17名海军上尉、3,420名士官、7名随军牧师、3名地主、1名亲王、43名官员、85名士兵、131名难民。此外，遇害者中还包括20名大学教授、300名医生、几百名律师、工程师、教师、100多名作家和记者以及200名飞行员。波兰数学家斯特凡·卡兹玛尔孜（Stefan Kaczmarz）也可能是卡廷惨案的受害者，他生前发明的卡兹玛尔孜算法奠定了现代图像科技的基础，广泛应用于计算机断层扫描和数字信号处理领域。卡廷森林惨案的遇难者不仅有波兰人，还包括白俄罗斯人、犹太人和乌克兰人，甚至还有不愿意屠杀波兰人的俄国人。

在第二次世界大战人类犯下的无数罪孽中，卡廷惨案毫无疑问是最可怕的悲剧之一。卡廷惨案的罪恶之处不仅仅是苏联犯下了与纳粹别无二致的屠杀战俘罪行，而且这还是一桩未经审判和公开的秘密屠杀。考虑到受害者许多都是苏联精挑细选出的波兰民族精英，战前完全都是平民，这又与苏联长期宣传的阶级斗争理念背道而驰。总的来说，卡廷惨案是一桩确凿无疑的法西斯帝国主义行动，是极度漠视生命下，对东欧国家的种族清洗行动。卡廷惨案，成了苏联历史中最黑暗的部分之一。卡廷森林的枪声在当时被德国坦克进攻法国的隆隆轰响完美掩盖了，苏联政府以为可以瞒天过海，但大屠杀从一开始就没有被彻底隐瞒，一直以来都有证人和证物表明了卡廷森林附近有过集体屠杀事件。直到1943年2月，德军在卡廷森林发现并挖出了几座万人坑。4月13日，柏林广播电台向全世界宣布了他们的发现：“一个深沟……28米长，16米宽，里面有3,000多具波兰军官的尸体，被堆积成12层。”这当然不是德国政府的正义感，而是一个完美的离间苏、波和西方盟友关系的手段。

被苏联当局隐瞒两年的卡廷惨案大白于天下。

4月15日，苏联当局利用报纸和广播迅速做出反应，坚决否认德国的指控，并义正言辞地反驳道：“......1941年在西斯摩棱斯克从事国家建设工作的波兰战俘们......落入了德国法西斯刽子手的魔爪之中......”。德国方面很快组织国际专家调查委员会，尸检的结果证明了波兰官兵死于1940年初，当时这里是无可置疑的苏联控制区。卡廷惨案的消息如平地惊雷炸响在波兰流亡政府内部，仅维持一年半的波苏合作关系骤然陷入紧张状态。西科尔斯基要求苏联方面必须做出解释，并坚持国际红十字会展开全面调查。苏联方面激烈地否认，并坚持声明这是德国人的嫁祸。16日，西科尔斯基拒绝接受苏联的解释，并要求国际红十字进行调查。苏联人的反应异常激烈，他们倒打一耙，指控波兰流亡政府与纳粹德国秘密合作污蔑苏联，并在4月26日与波兰断交，单方面撕毁了《西科尔斯基·迈斯基协定》。随后，苏联开始宣传他们所控制的“波兰爱国者联盟”，而后开始不停攻击波兰流亡政府，试图将“合法”波兰政府的头衔夺走。

苏联的反应从一开始就很难令人信服，丘吉尔根据英国情报系统的调查，基本可以断定卡廷惨案系苏联所为，他在4月15日与西科尔斯基的谈话中也肯定了波兰人的猜想。但此时国际反法西斯战争如火如荼，英国为了消灭纳粹德国的最高目标，必然不会做出任何激怒苏联的行动。在维持盟军关系稳定的基础上，丘吉尔在4月24日向苏联表达了顺从的态度。美国总统富兰克林·罗斯福（Franklin D Roosevelt）通过私下调查，确定了苏联的主谋身份，但他也决定效法丘吉尔的做法支持苏联的结论。不仅如此，两国在几年内都不约而同地压制国内企图公开真相的人，在消灭纳粹的主要事业上一切皆可让步，当然包括波兰人的利益。

德国的宣传机器无法在卡廷惨案上持续太久，因为此时红军的反攻已经逼近波兰，严重威胁德国本土。1943年9月，苏军成功解放斯摩棱斯克。士兵坐在坦克上受到平民的夹道欢迎，与此同时，NKVD迅速将卡廷森林划为禁区，以便开展伪造证据的行动。附近的证人受到威胁，波兰红十字会建造的墓地和其他证据被夷平，埋骨于此的波兰官兵在苏联的努力下，又被纳粹杀了一遍。1944年1月，苏联煞有介事地成立了“波兰战俘被德国法西斯侵略者于卡廷森林所枪杀事件认定和调查特别委员会”，但该委员会不允许外国人加入。整个“调查”就像一个自欺欺人，自导自演的闹剧，每个参与者都知晓真相，却吐露谎言。为证明苏联的无辜和坦荡，十多位美国和英国记者被邀请报道，由所谓的证人向他们告知NVKD精心撰写的真相。1945年12月，苏联又导演了第二论闹剧，在列宁格勒的军事法庭上胁迫德军战俘承认屠杀波兰官兵的“事实”。为了奖励德国人的“诚实”，仅判罚他们15年的劳役。在波兰人民共和国时代，当局在苏联的压力下施行严格的审查制度，卡廷这两个字成为禁忌。80年代，随着苏联政治氛围的解冻，越来越多的人期望当局对卡廷惨案供述真相，波兰当局也就卡廷问题越来越密切地对苏交涉。1990年，苏联官方终于承认卡廷惨案是斯大林时期的“可怕罪行”，并逐渐将相关密档交予波方。绵延半个世纪的卡廷惨案谜团走向尾声。让我们把视线拉回1943年。

即便苏联宣布对波兰流亡政府断交后，西科尔斯基仍致力于双边关系正常化。由于波兰士兵普遍士气低迷，他开始巡视驻扎在中东的波兰军队，以期鼓舞士气。1943年7月4日夜23时05分，西科尔斯基乘坐英国B-24解放者运输机从直布罗陀机场起飞。结果飞机升空16秒后发生了机械故障，整架飞机从半空中一头栽进海里。英军救援队在10分钟以内赶到现场，非常不幸的是，包括西科尔斯基、他的参谋长和女儿在内的所有乘客全部遇难，只有飞行员一人存活。在飞机跑道上目睹整场悲剧的波兰军官陷入哀怮，他们抽泣道：“波兰已经完了。”

斯大林的断交与西科尔斯基的猝然去世标志着波兰流亡政府在盟军内部影响力的大幅衰退，因为西科尔斯基是唯一一位与其他盟国首脑有密切交际的领导者。西科尔斯基的继任者斯坦尼斯瓦夫·米科瓦伊契克的地位被淡化，他没有被邀请参加至关重要的德黑兰会议或雅尔塔会议，这意味着波兰的命运已经不被流亡政府所掌控了。1943年11月，西科尔斯基尸骨未寒，丘吉尔和罗斯福就同意将寇松线以东的波兰割让给苏联，流亡政府的反对无人理睬。

斯大林在1944年下令建立波兰民族解放委员会（Polish Committee of National Liberation），并开始清缴活跃在波兰国家军和采取抵抗态度的游击队。尽管当时没有波兰人愿意承认这个政权，但随着苏军占领区的扩大和土改运动的深入，人们才意识到改朝换代的时刻到了。委员会是苏联唯一承认的波兰合法政府，伦敦的流亡政府被苏联认定为“非法的、自封的政府”。1945年1月，委员会改组为波兰共和国临时政府，6月改组为民族团结临时政府。虽然建立初期仅得到苏联的承认，但在苏军已经占领波兰全境的事实面前，所谓的“波兰正统”已经没什么意义了。1945年7月，伦敦流亡政府彻底被列强抛弃，美、英、法等国家宣布承认临时政府。波兹坦会议之后，苏波边界协定签署，作为东部省份割让苏联的补偿，北部波美拉尼亚与西部西里西亚被划给临时政府，波兰领土整体西移。

1952年，新的政权被命名为波兰人民共和国。