自1980年代后，日本学术界和教育界在学术转型的趋势下逐渐开始致力于消除世界史与日本史教育之间的割裂状况。由此，对外关系史、海域交流史等研究领域成为重要舞台，村井章介便是这一趋势的代表人物。村井的弟子桥本雄总结了村井史学的三大特色——概言之便是基于史料学的精密验证、历史观上的宏观视野及彻底的实证主义方法。而据村井自述，在他学生时代时，中世史的主流是庄园研究。当时的学生选择任意一个庄园，论证土地所有权和领主支配问题，被认为是走向毕业论文的有效策略（水文套路）。被战后历史学支配的人们普遍认为，阐明构成社会基础的经济结构才是历史分析的王道。但史料的言说研究也逐渐开始成为研究不言而喻的前提，学术争论和学说史也围绕哪种史料更可靠、哪种解释更可靠展开，「历史学的危机」通过对史料批判方法进行展开了。时至今日，近几代学者已经确立起日本史学的实证主义共识，基于史料批判进行的研究成为主流，过去那些被想当然地建构的理论正在不断被修正，这实在是史学之幸。作为从那个时代走过的学者，村井对当时的理论派弊病深有感悟，因而选择了一条实证主义史学之道。而比起京都和镰仓等热门研究的「中央」，村井更关心中世日本的尽头海域，也就是鬼界等被称为日本列岛的「边界空间」与日本列岛历史间的关系。

村井试图从中世列岛内外的交流中揭示「近世国家」的诞生，例如与朝鲜维持非正式的倭馆外交的对马以及作为「伪（日本国王）使」来到朝鲜输出日本银换取高丽参的对马和九州各路境界势力、萨琉关系篇的禅僧文书默契、北方安藤氏的「虾夷系谱」建构、具有地政学重要性而吸引西葡与英荷的平户（商馆）·长崎（耶稣会领→天领）地域，在世界史与日本史的交错中发展为了近世所谓的「四口」。当然，从这种意义上来说，这种所谓的「四口」只不过是四个存在交流的「境界」，池内敏在去年提出的新观点已经修正了荒野泰典认为「四口」存在共通的任务与逻辑的旧说。 1970年代，沃勒斯坦提出了如今备受争议的所谓「世界体系」理论。该理论认为，世界史上的各个历史时期存在着许多规模虽不及全球范围的「世界体系」。「世界体系」可分为两种类型：一种是其整个范围内都存在某种单一政治体系支配的「世界帝国」；另一种则是缺乏能够覆盖整个（或大部分）空间的单一政治体系的「世界经济」。村井认为，若要如此描绘「欧洲世界经济」的形成过程，那么出现一些判断错误也是不可避免的。而亚洲史的研究者们应当直接探讨欧洲世界经济中的亚洲世界体系，阐明其结构与逻辑，进而衡量欧洲世界经济对其的影响。村井关注的是：在欧洲人到来之前，包括日本列岛在内的东亚地区存在着怎样的世界体系？这种体系又是建立在怎样的政治与经济关系之上的呢？而当它与「欧洲世界经济」发生接触后，又发生了怎样的变化呢？在这种问题意识下，村井的研究便集中于由中国（明王朝）、日本（室町幕府）、朝鲜（李氏朝鲜）、琉球（第一、第二尚氏）等外交主体构成的「亚洲世界经济」。而村井的研究不仅仅着眼于东亚海域国家间的外交——在16世纪的东亚海域中，除了国家间的合法交通之外，还出现了各种形式的民间往来。村井着眼于「境界人集团」和作为外交负责人的禅僧构成的「非正式外交」，村井在这两方面的代表研究分别是『中世倭人伝』与『東アジア往還：漢詩と外交』。

与政治史的关注点（近世「天下人」与将军权力的产生、「家中」组织主从关系原理的变化、近世公仪·幕藩国家的形成）不同，村井的交流史·关系史流认为必须将日本列岛置于更为广阔的世界背景之下，才能把握那些「冲击着列岛的历史浪潮」。在海域交流史上，中世向近世的变化体现为「多民族混成的交易者集团」的消失、模糊的「境界」开始明确化为不同的窗口，中世以来那些掌握地域权力的战国大名开始根据各自的地理位置，在幕藩制国家的逻辑下编织了与外国的关系。村井从世界史视野下的交流史角度把握近世国家如何从「世界史中的战国日本」中成立，鹿毛敏夫、中岛乐章也从其他不同角度出发，分别把握「地域国家外交」的形成·向幕藩制国家转移的过程以及由「南蛮·红毛·唐人」组成的中世向近世转型过程中的东亚海域世界。

个人认为，本书最精彩的莫过于末篇关于泗川之战的文章。庆长三年·万历二十六年（1598）9月下旬至10月期间，由明军中路提督董一元及庆尚右兵使郑起龙指挥的联军攻击了岛津军驻守的泗川倭城，但遭到了失败。这就是历史上著名的「泗川之战」。但村井想强调的并非是战役的过程，而是泗川之战内在的中世战争逻辑。在朝鲜的岛津军所进行的中世战争逻辑（自力、领有）体现与之后的琉球出兵（近世战争下的军法指导）有着本质不同，在琉球出兵时，岛津军依照军法行事，以完成占领首里、将尚宁王及谢名亲方一行带至萨摩为军事目的，对琉球并没有进行破坏。但在泗川之战中，岛津军对联军进行了屠杀和「割鼻」等行为。为何时隔十一年，岛津军的作风发生了如此大的改变？村井指出，这事实上是中世与近世战争间原理的不同。彼时的岛津军具有源于岛津领地内的社会结构的不统一、松散的特质（统治权由义久、义弘、忠恒三人共同掌握，家臣联盟相当于宗家也有制衡作用），对于「为何而战」，领主层面为了获得领地保证权益而战，武士及以下足轻们为了恩赏而战，整个岛津军并非依靠太阁检地所划分的领地所带来的年贡收入来维持运作，而是按照中世的「自力救济」原理战斗。因此，各种方便计算击倒敌人数量的残忍方法也就仍然被岛津军使用。直到1602年，经历了庄内之乱后的萨摩在家康默许下除去了伊集院一族，岛津本宗家的绝对优势才得以确立，关于近世战争的重要准则「军法」开始普及。到了萨摩进攻琉球的战争时，『琉球渡海之军众御法度之条』被颁布，近世大名领国控制下的规范战争开始形成。到了神田千里所言的「最后一场中世宗门战争」的岛原之乱时，参加幕府军的浪人也严格按照军法被编组，曾经那种依靠「自力救济」来获得恩赏的可能已经一去不复返了。中世到近世的社会逻辑转型，也体现在萨摩参与的这两场异国战争中。

所谓「世界史」，其实就是研究对象自身与外界「交流」的历史。日本列岛史与周边的交流，毫无疑问既属于「日本史」的一部分，也属于「世界史」的一部分。村井的研究，正是基于「列岛史走向世界史」的目标。国内学界对于「中外关系史」与「世界史」的定义略有微妙差异，有人认为「中外关系史才是真正的世界史」（李雪涛），也有人认为中外关系史属于「中国史与世界史之间」（陈博翼）。而在日本，「日本对外关系史」与「世界史」的关系更多是一种方法、一种视角的互补，而不会出现作为学科的「世界史」的冲突，这也是因为日本史学的学术学科分科强调的是东洋史·西洋史·日本史。村井章介是日本史分野的学者，但强调以更广阔的「区域史」和「世界史」视角来重新解读9至17世纪日本列岛周边地区的历史、认为「东亚世界」将区域视为固定不变的框架及仅限于国交问题的视角来解读历史的缺陷。滨下武志、中岛乐章是东洋史研究者，同样以海域亚洲的视角与日本史、世界史联系。所谓「世界史」的核心，便是「交流史」，这与以本国史为中心事实上并不构成任何抵触。正如村井史学的核心问题意识：以日本列岛与周边的外部广阔交流视角，来思考日本列岛的内部变化——从世界史视角思考日本史。 村井曾经在对『港町の世界史』刊行的寄语中如是写到：「本系列同样着眼于跨越国界的人流、物流与信息的流动与扩散，通过不同地区和国家的比较来开拓新的视野。而港口城市正是进行此类研究的理想对象，它拥有无穷的魅力，能够为研究提供绝佳素材。学问的意义自不必说，沿着港口城市漫步、追溯往昔的旅程，更是无需理由就能享受乐趣。站在码头上，想象便能从脚下的水面延伸至无边无际的远方。沿着曲折的道路前行、从座座小祠到大教堂，随处都能遇见祈祷的痕迹。走进下一个街区，就能感受到商人们、船舶工匠们、装卸者以及传教士们等不同职业的人们所营造出的生活气息」。这种感觉，同样是笔者自小就对海交与关系史存在好感的缘由。海交史的乐趣，或许就在于这种史料中奇妙的旅途邂逅感吧。