第一种：
直接把要嵌入的JS文件属性设置为“嵌入的资源”。

protected override void OnInit(EventArgs e)
{
      base.OnInit (e);
       if(!base.Page.IsStartupScriptRegistered("Script"))
        {
                Assembly assembly = typeof(TestControl).Assembly;
                StreamReader reader = null;
                 reader = new StreamReader(assembly.GetManifestResourceStream(typeof(TestControl),"test.js"));
                
                base.Page.RegisterStartupScript("Script",reader.ReadToEnd());

         }
}

第二种：
创建相同类名的资源文件，然后在Data出的name设置为Test，value为js的内容。

protected override void OnInit(EventArgs e)
{
      base.OnInit (e);
      if(!base.Page.IsStartupScriptRegistered("Script"))
       {
               ResourceManager resx = new ResourceManager(base.GetType());
               base.Page.RegisterStartupScript("Script",resx.GetResourceSet(System.Globalization.CultureInfo.CurrentCulture,true,true).GetString("Test"));

        }
}

上面两种方式都是在控件类中输出JS代码，也可以自定义HttpHandler来生成Js代码。