方法一：
我们可以通过配置web.config(或者app.config)来帮助我们解决这个问题。需要在web.config中配置如下节点：
<runtime>
<assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity name="Newtonsoft.Json" publicKeyToken="30ad4fe6b2a6aeed" />
<codeBase version="4.0.3.0" href="C:\v2.0\Newtonsoft.Json.dll" />
<codeBase version="7.0.0.0" href="C:\v3.5\Newtonsoft.Json.dll" />
</dependentAssembly>
</assemblyBinding>
</runtime>
说明1：有的朋友博客上面说，需要在主项目中引用最新版本的DLL，经过实验是不需要这样做的。
说明2：name填程序集的名称，pulicKeyToken是数字签名，version是程序集的版本，href指不同版本的程序集的地址，我尝试过，无法使用相对路径，必须使用绝对路径，可能使用相对路径也可以，但需要另外的配置，如果有朋友知道，麻烦分享一下。
方法二：
如果在同一个项目中引用不同版本的DLL，但新版本的DLL兼容旧版本的DLL，那么可以采用如下的配置：
<runtime>
<assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity name="Newtonsoft.Json" publicKeyToken="30ad4fe6b2a6aeed" culture="neutral" />
<bindingRedirect oldVersion="0.0.0.0-6.0.0.0" newVersion="6.0.0.0" />
</dependentAssembly>
</assemblyBinding>
</runtime>
参考文档：
http://www.cnblogs.com/EugeneMay/p/4249709.html
http://bbs.csdn.net/topics/390359027
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