道後温泉本館の屋根の下地には、防水の役割として木の板が敷き詰められていました。各棟で年代ごとに下地材の工法が変わっています。玄関棟では平成4年に改修されていたため、その当時の仕様に従い“コロシート”と呼ばれる土居葺きを採用しています。その上に防水シートを貼り、調査を終えた瓦を葺いています。
また、神の湯本館の鬼瓦も修理され、「神泉」と記された拝巴瓦も明治27年当時と同じように金泥が施されてものにて復元しています。