Ubuntu 的内核自动升级导致 Mongodb 无法正常启动，没有找到解决方案，本文记录问题出现和解救的过程。

问题描述

服务器在 2025.07.08 Ubuntu 22.04 自动升级系统内核，从 6.8.0-52-generic 升级到 6.8.0-60-generic

之后 MongoDB 7.0.12 便无法正常启动

• 日志中显示 WiredTiger 存储引擎遇到了严重的损坏问题，关键错误信息

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  WiredTiger error: WT_TRY_SALVAGE: database corruption detected __wt_turtle_read: fatal turtle file read error WT_PANIC: WiredTiger library panic

  核心问题是WiredTiger存储引擎无法读取WiredTiger.turtle文件，这是存储元数据的关键文件。

• 在 Docker 的错误日志中最后一句，错误码 6：

  1	subprocess.CalledProcessError: Command '['mongod', '--configsvr', '--directoryperdb', '--replSet', 'fates-mongo-config', '--bind_ip_all']' died with <Signals.SIGABRT: 6>.

挣扎过程记录

Mongo 啊，崩了啊，天塌了

1. 尝试修复 MongoDB

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docker run -it --rm   -v /data/mongo/db:/data/db mongodb/mongodb-community-server:7.0.12-ubuntu2204   mongod --repair --directoryperdb 

依然报错。

2. 尝试更加激进的修复

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docker run -it --rm   -v /data/mongo/db:/data/db mongodb/mongodb-community-server:7.0.12-ubuntu2204   mongod --repair --directoryperdb --wiredTigerEngineConfigString="salvage=true"

修复没有成功，修复报错检测到硬件级的数据损坏（checksum 不匹配）：

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potential hardware corruption, read checksum error for 4096B block at offset 16384

多次尝试恢复失败：

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Failed to start up WiredTiger under any compatibility version
Failed to salvage WiredTiger metadata

最终错误：

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-31809: WT_TRY_SALVAGE: database corruption detected

重新运行 MongoDB 依然报错，但是错误信息变了，错误码 14。

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subprocess.CalledProcessError: Command '['mongod', '--repair', '--dbpath', '/data/db', '--directoryperdb', '--wiredTigerEngineConfigString=salvage=true', '--bind_ip_all']' returned non-zero exit status 14.

3. 硬件状态检查

   此时怀疑硬件出错，检查了半天硬盘、Raid，都没有问题。

4. 数据回溯

   无奈没有检查到问题原因，启动群晖的数据恢复功能，回档了一个月，我确定那时候的数据库是可以用的。

   当数据回溯结束后再次启动 MongoDB 时，却依然报错 ！！！！ ？？？

   • 错误码还是 14

   此时基本可以确定不是 MongoDB 、文件、硬盘的问题，八成是内核升级导致的不兼容问题。

5. 检查系统内核升级记录

   查看已安装的内核：

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   apt list --installed | grep linux-image --> WARNING: apt does not have a stable CLI interface. Use with caution in scripts. linux-image-6.8.0-52-generic/jammy-updates,jammy-security,now 6.8.0-52.53~22.04.1 amd64 [已安装，自动] linux-image-6.8.0-60-generic/jammy-updates,jammy-security,now 6.8.0-60.63~22.04.1 amd64 [已安装，自动] linux-image-generic-hwe-22.04/jammy-updates,jammy-security,now 6.8.0-60.63~22.04.1 amd64 [已安装，自动]

   发现有多个版本，存在版本切换的可能

   查看内核启动日志

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   $ sudo journalctl -k --list-boots --> -5 e1093f0931924eea9f9ea8649be2d057 Wed 2025-02-05 05:45:33 CST—Fri 2025-02-07 10:24:25 CST -4 7d68ae798d8746c1bca73101205d7f95 Fri 2025-02-07 10:28:20 CST—Tue 2025-02-11 09:30:08 CST -3 ca1b8e8e753e4e15993b193dfc1e79fc Tue 2025-02-11 09:33:52 CST—Thu 2025-02-13 12:28:32 CST -2 7ba7c096953445eebb8191bff3897ec5 Thu 2025-02-13 12:32:14 CST—Thu 2025-06-26 18:32:10 CST -1 05b99060b7894fdb8c91c6c58dbfcbea Tue 2025-07-08 09:19:50 CST—Wed 2025-07-09 13:12:58 CST

   我的问题就是出现在 2025-07-08，当时确实出现了内核版本切换

   查看某次启动的内核版本：

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   sudo journalctl -k -b | grep "Linux version" # 当前内核 Jul 09 13:14:44 bolight-PowerEdge-T640 kernel: Linux version 6.8.0-52-generic (buildd@lcy02-amd64-099) (x86_64-linux-gnu-gcc-12 (Ubuntu 12.3.0-1ubuntu1~22.04) 12.3.0, GNU ld (GNU Binutils for Ubuntu) 2.38) #53~22.04.1-Ubuntu SMP PREEMPT_DYNAMIC Wed Jan 15 19:18:46 UTC 2 (Ubuntu 6.8.0-52.53~22.04.1-generic 6.8.12) sudo journalctl -k -b -1 | grep "Linux version" # 上次切换 Jul 08 09:19:50 bolight-PowerEdge-T640 kernel: Linux version 6.8.0-60-generic (buildd@lcy02-amd64-098) (x86_64-linux-gnu-gcc-12 (Ubuntu 12.3.0-1ubuntu1~22.04) 12.3.0, GNU ld (GNU Binutils for Ubuntu) 2.38) #63~22.04.1-Ubuntu SMP PREEMPT_DYNAMIC Tue Apr 22 19:00:15 UTC 2 (Ubuntu 6.8.0-60.63~22.04.1-generic 6.8.12) sudo journalctl -k -b -2 | grep "Linux version" # 上上次 Feb 13 12:32:14 bolight-PowerEdge-T640 kernel: Linux version 6.8.0-52-generic (buildd@lcy02-amd64-099) (x86_64-linux-gnu-gcc-12 (Ubuntu 12.3.0-1ubuntu1~22.04) 12.3.0, GNU ld (GNU Binutils for Ubuntu) 2.38) #53~22.04.1-Ubuntu SMP PREEMPT_DYNAMIC Wed Jan 15 19:18:46 UTC 2 (Ubuntu 6.8.0-52.53~22.04.1-generic 6.8.12)

   可以看到，原本 2月份的内核 （6.8.0-52） 在 7月8日 切换到了 6.8.0-60，导致问题出现，直到我切换回 6.8.0-52。

6. 切换回原来的内核后重启 MongoDB

   • 方法一：临时方法（推荐先尝试）

   1 2	sudo grub-reboot 'Advanced options for Ubuntu>Ubuntu, with Linux 6.8.0-52-generic' sudo reboot

   这会让你下次启动时使用 6.8.0-52 内核。

   • 方法二：永久方法

   编辑 /etc/default/grub 文件：

   1	sudo vim /etc/default/grub

   找到 GRUB_DEFAULT 行，修改为：

   1	GRUB_DEFAULT="Advanced options for Ubuntu>Ubuntu, with Linux 6.8.0-52-generic"

   然后更新 GRUB：

   1 2	sudo update-grub sudo reboot

   仍然报错 14

   此时是因为数据恢复后数据本是正确的，但是我用过高版本的内核启动过这些 MongoDB，又给改坏了，导致降低内核版本后仍无法读取

7. 再次回溯数据

   MongoDB 仍然无法正常运行，这是一次失败的抢救，记录于此 …

关闭内核升级

方法一：使用 apt-mark hold 锁定内核版本

• 查看当前内核版本

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uname -r
6.8.0-52-generic

• 锁定内核相关包，防止自动升级

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sudo apt-mark hold linux-image-generic linux-headers-generic
sudo apt-mark hold linux-image-$(uname -r) linux-headers-$(uname -r)
-->
linux-image-generic 设置为保留。
linux-headers-generic 设置为保留。
linux-image-6.8.0-52-generic 设置为保留。
linux-headers-6.8.0-52-generic 设置为保留。

• 验证是否锁定成功：

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$ apt-mark showhold
linux-headers-6.8.0-52-generic
linux-headers-generic
linux-image-6.8.0-52-generic
linux-image-generic

这样 apt upgrade 或 unattended-upgrades 就不会自动升级内核。

方法二：禁用 unattended-upgrades 自动更新内核

Ubuntu 默认启用 unattended-upgrades 自动更新，我们可以配置它不更新内核。

• 编辑 unattended-upgrades 配置

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sudo vim /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades

• 找到以下行：

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Unattended-Upgrade::Allowed-Origins {
    "${distro_id}:${distro_codename}";
    "${distro_id}:${distro_codename}-security";
    "${distro_id}ESM:${distro_codename}";
};

• 在 Allowed-Origins 后面添加：

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Unattended-Upgrade::Package-Blacklist {
    "linux-image-*";
    "linux-headers-*";
    "linux-modules-*";
};

• 重启 unattended-upgrades

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sudo systemctl restart unattended-upgrades

• 验证是否生效

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sudo unattended-upgrade --dry-run --debug

检查输出是否跳过了 linux-image-* 和 linux-headers-* 相关包。

文章链接：
https://www.zywvvd.com/notes/coding/dataset/ubuntu-kernel-mongo-error/ubuntu-kernel-mongo-error/