日本禁止基于遗传信息的劳动歧视。日本厚生劳动省的文件规定，企业招聘选拔时，除了达成业务目的不可或缺的情况等以外，不允许收集可能成为社会性歧视原因的事项中包含遗传信息。若违反，基于《职业安定法》有可能成为行政处罚的对象。关于企业要求员工提供基因组信息的情况，文件举出《个人信息保护法》和《劳动安全卫生法》等根据，写入“无需同意相关要求”。认为企业以不提供为由降低人事评价等的做法不妥。文件说明称，根据《劳动合同法》，缺乏客观合理性或不符合社会常识的解雇属于滥用权利。指出“不认为基因组信息本身能成为解雇的合理理由”，若没有基因组信息以外的理由，则是滥用解雇权，解雇无效。
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