SARS-CoV-2 和几种密切相关的蝙蝠冠状病毒的完整基因组表明，它们在几十年前拥有共同的祖先。已知病毒之间会交换 RNA 片段，这个过程被称为重组，所以每一部分都有自己的进化历史。在 11 月 8 日于新加坡举行的第七届世界统一卫生大会上发表的最新分析中，科学家们比较了冠状病毒基因组片段。分析表明，就在 2016 年，蝙蝠冠状病毒的某些部分和 SARS-CoV-2 有一个共同的祖先——仅仅 3 年之后，该病毒于 2019 年底出现在人类中。这项研究还没有经过同行评审。研究人员说，这一发现缩小了起源于蝙蝠的 SARS-CoV-2 的祖先和病毒传染给人类之间的时间间隔。然而，它无法解释 SARS-CoV-2 最接近的祖先是如何实现这一跨越的——这是大流行的一个持久的谜团，许多科学家认为这可能涉及一种中间动物。这项研究强调，考虑到冠状病毒重组的频率和已经过去的时间，在蝙蝠中找到 SARS-CoV-2 的直接祖先将是多么困难。
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