我认为可以从以下几个维度对比两个软件区别和关联：
OmniFocus基于GTD，也就是《搞定》一书中的理论。
OmniPlan基于项目管理知识，大部分内容基于《PMBOK》一书的理论。
OmniFocus侧重于个人，也就是OmniFocus的信息只有使用者自己看到全部，OmniFocus的内容会有更多的私密性。使用者可以主动分享部分信息，但不可能分享全部内容。
OmniPlan侧重于团队或公司，也就是OmniPlan的文档大多要用于分享给很多人，也可以说OmniPlan的进度计划计划要全部分享给参与项目的所有人。除非为了刻意的保密，可以只告诉每个人（角色）自己所负责事情。
OmniPlan最小单位是工作包，是成果。比如“准备会议室”是一个工作包，分配给某一个员工。 而“准备会议室”对于这个员工来说，放到自己的OmniFocus里，要拆解为多个行动，比如预约会议室、准备投影、准备录音笔等。 OmniPlan侧重于项目规划，最小单位是成果，成果有的需要几周时间，或几天时间。从整体项目来说，有的小项目一个月的周期，也有的大项目需要几年，甚至十几年。
OmniFocus侧重于行动，最小单位是行动，可能是几分钟或者几十分钟。推进行动有可能达成成果，也可能达不成。在OmniFocus中，如果行动无法达成成果，就需要采取新的行动，一直到取得成果为止
OmniFocus中，自己是OmniFocus的主要使用者，动作执行者。哪怕是Waiting for 中的动作，也是自己在等待。其他所有的，都是一件件具体要由自己执行的动作。
OmniPlan中，参与项目的人是工作包的执行者。在标准的项目管理中，项目经理是不具体参加项目执行的，因此项目经理是完全可以不参与任何工作包的执行。
OmniFocus中的事情，基于个人生活，一般来说可以包括：健康、娱学习、家庭、理财、工作、娱乐、人际维度，工作是其中一部分。
OmniPlan以工作为主，或者生活中某件重要的事作为项目管理。
OmniFocus是大纲结构配合清单展示，都是文字形式。
OmniPlan中采用的是大钢结构配合甘特图展示，左文右图，非常直观。
个人观点，没有必要一定将两个工具整合，建议充分利用每个工具优点。当然，Omni集团提供了OmniPlan向OmniFocus的任务同步功能：OmniPlan有订阅功能，成员可以通过电子邮件作为唯一标示，订阅自己在该项目的任务，同步到日历。而OmniFocus可以读取日历，实现OmniPlan向OmniFocus的任务同步。（此功能是在OmniPlan的专业版提供的）
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