数据可视化分析一般首选交互式环境 (如 Web 和 R)。那如果我们不想安装 R，同时不去用浏览器的情况下，我们有没有办法来绘制各种复杂的数据可视化图形？

答案是肯定的，一般比较通用的解决方案是通过远程网页服务的 RESTful APIs 或 Websocket 服务完成。

今天我们将分享最新发布的工具之一 hctl：基于 Hiplot 科研绘图网站 和 Golang 开发的命令行绘图工具。

hctl 是一个支持跨平台运行的命令行工具（单一执行文件），它可以让用户在命令行环境下使用部分 Hiplot 网站的绘图功能（命令行环境下支持至少 70 种绘图功能）。

工具下载

Linux:

• hctl_0.1.6_Linux_64-bit.tar.gz
• hctl_0.1.6_Linux_32-bit.tar.gz

MAC OSX:

• hctl_0.1.6_Darwin_64-bit.tar.gz

Windows:

• hctl_0.1.6_Windows_64-bit.tar.gz
• hctl_0.1.6_Windows_32-bit.tar.gz

使用指南

根据你的操作系统下载对应的压缩包并解压缩后，你将可以得到 hctl 的可执行文件：Linux 和 Mac OSX 为 hctl，Windows 为 hctl.exe。

同时，为了方便进行测试，我们提供了热图的示例输入数据：demo.tar.gz。进入 hctl 可执行文件所在目录下载并解压该文件即可。

示例数据主要包括：

1. 配置文件：

• config[2-3].json （-c 参数的输入）
• params.json （-p 参数的输入）
• 其中 params.json 为 Hiplot 网站直接导出的结果，而 config.json 文件则是将其中的数据表单独提取出来后的格式（方便用户查阅和修改数据表）。

    2. 数据表：

• countData.txt / sampleInfo.txt / geneInfo.txt 分别为热图绘制所需的表达值信息、样本信息、基因信息。其中表达值信息为必须，其他为可选输入。

操作流程和主要命令？

hctl 目前提供两个子命令进行操作（后续将不断增加其他子命令）：

• login
• plot

在使用 hctl 进行绘图之前，所有用户都需要使用 hctl login 命令获得 Hiplot 的服务授权（授权信息将保存至 ~/.config/hiplot/login.json）。获得授权后，即可使用 hctl plot 命令进行后续绘图任务。

hctl 的输入文件为一个 JSON 格式的参数文件和/或一个/多个数据表，并主要分为以下四种文件输入模式：

1. 完全使用本地的数据文件

输入数据的组合为 config.json + countData.txt + sampleInfo.txt + geneInfo.txt）。其中 config.json 文件不包含任何远程文件路径。

hctl plot -c _demo/heatmap/config.json -t heatmap -d _demo/heatmap/countData.txt,_demo/heatmap/sampleInfo.txt,_demo/heatmap/geneInfo.txt -o /tmp/hiplot-pure-data-mode

2. 完全使用云端的数据文件

仅需要输入 config2.json。其中 config2.json 包含了三个远程文件路径（表达数据、样本信息、基因注释）。

hctl plot -c _demo/heatmap/config2.json -t heatmap -o /tmp/hiplot-pure-remote-data-mode

3. 混合使用本地数据和云端数据文件

需要输入 config3.json + countData.txt + geneInfo.txt，其中 config3.json 中包含了远程 sampleInfo.txt 的路径信息

hctl plot -c _demo/heatmap/config3.json -t heatmap -d _demo/heatmap/countData.txt,,_demo/heatmap/geneInfo.txt -o /tmp/hiplot-mixed-mode

4. 使用 Hiplot 网站导出的参数文件

仅需要输入 params.json 文件。

hctl plot -p _demo/heatmap/params.json -t heatmap -o /tmp/hiplot-params-mode

参数详解

• -t 工具名（如 heatmap、pca、tsne，与 Hiplot 网址一一对应）
• -m 模块名（可选 basic 和 advance）
• -c 对应 config.json 格式文件
• -p 对应 params.json 格式文件
• -d 数据表（可输入多个；逗号分隔）
• --print-links 输出结果文件链接（默认不输出）
• -o 设置结果文件的输出目录
• -k 任务名，默认使用配置文件中对应字段，如果无则随机生成

Linux 用户可以执行以下代码块所示命令，一键完成 hctl 的安装和功能测试。除热图外的绘图参数文件可以在 Hiplot 网站上进行导出（后续将提供命令行方式导出）后进行测试。

## Linux 64 Demo
mkdir /tmp/hiplot
cd /tmp/hiplot
wget https://hiplot.org/download/hctl/v0.1.6/hctl_0.1.6_Linux_64-bit.tar.gz
wget https://hiplot.org/download/hctl/_demo.tar.gz

tar -xzvf hctl_0.1.6_Linux_64-bit.tar.gz
tar -xzvf _demo.tar.gz

./hctl login

# only input data files
./hctl plot -c _demo/heatmap/config.json -t heatmap -d _demo/heatmap/countData.txt,_demo/heatmap/sampleInfo.txt,_demo/heatmap/geneInfo.txt -o /tmp/hiplot-pure-data-mode

# only use remote files
./hctl plot -c _demo/heatmap/config2.json -t heatmap -o /tmp/hiplot-pure-remote-data-mode

# mixed usage
./hctl plot -c _demo/heatmap/config3.json -t heatmap -d _demo/heatmap/countData.txt,,_demo/heatmap/geneInfo.txt -o /tmp/hiplot-mixed-mode

# hiplot exported param
./hctl plot -p _demo/heatmap/params.json -t heatmap -o /tmp/hiplot-params-mode

绘图任务完成后即可在对应的结果输出目录找到绘图结果文件（如 PDF/PNG/Rdata 格式）：

热图示例输出