UCSC Xena（https://xena.ucsc.edu） 是加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）建立的癌症基因组数据库。该数据库收集并整合了已发表的多个公开的癌症基因组数据源，包括 TCGA、ICGC、TARGET 等，已成为癌症研究领域的重要资源。基于 UCSC Xena 数据库，研究人员可以整合不同癌症之间的基因表达、突变、拷贝数变异等数据探究癌症的发病机制和原理，筛选潜在的治疗靶点和药物。

然而，已有工具并未很好地实现对 UCSC Xena 数据库进行综合地可视化分析和挖掘。UCSCXenaShiny 是 Openbiox 在2019 年发起的开源项目，用于下载和可视化分析著名癌症数据库 UCSC Xena。UCSCXenaShiny 在2022年发表于学术期刊 Bioinformatics，目前已被下载 3 万余次，谷歌学术引用超过 40 次，是 Hiplot (ORG) 可视化分析网站进阶模块中的一个常用工具。

UCSCXenaShiny v2.0 将在原有功能的基础上，计划增加更多分析和可视化模块，以满足研究人员不断增长的需求。新版本将支持多组学数据的降维分析和可视化，泛癌环境中的相关性分析，差异表达基因列表的可视化和下载等功能。同时，项目还将探索与 cBioPortal 数据库的对接，为用户提供更全面的数据资源。总体上，本项目需要考虑如何设计用户友好的界面和交互功能，使用户能够轻松地使用我们开发的网页接口/R函数进行数据分析和可视化。你还需要考虑如何优化代码的性能和可重用性，以便其他开发人员可以轻松地在你的项目基础上进行扩展和修改。最后，你还需要考虑如何测试和验证你的代码，以确保工具的稳定和可靠性。

项目主要需求

• 支持多组学数据的的降维分析和可视化；
• 支持泛癌环境中某些变异与某些基因表达之间的相关性分析，例如KRAS突变的KRAS表达(WT vs. Mut)；
• 泛瘤种实现某些突变/拷贝数变异状态的差异表达基因列表，提供可视化和下载；
• 待研究基因与某个通路/IOBR signature的相关性分析；
• TCGA新免疫浸润方法结果的补充；
• 一些功能特性的探索性研究：例如完成过滤模块中现有的分类合并实现，探索与 cBioPortal 的数据库的对接。

项目产出要求

• 新增4个以上的分析可视化模块和对应的接口函数；
• 优化对近年R版本和依赖包更新的支持。

项目技术要求

• 可以熟练使用R 语言/统计/绘图工具包；
• 了解 UCSCXenaShiny 开发框架（见论文：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab561）；
• 有 R 包、Shiny开发经验，Git/GitHub使用和协作开发经验优先；
• 有 UCSC Xena、TCGA、cBioPortal 癌症数据库使用经验优先。

项目成果仓库

https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny

成功参加本项目并且完成项目产出要求的同学可以获得什么呢？

• 由开源之夏活动主办方提供的 12000 元（进阶难度）现金奖励；
• 开源之夏活动主办方颁发的项目证书；
• Openbiox 社区额外提供的资助奖励，包括但不限于现金、服务器资源、书籍等；
• 技能点+N。

如果希望报名本项目的同学，可以提前联系本项目导师 Shawn，shixiang1994wang@gmail.com

ChatGPT4 说：学生时代参与开源项目建设可以收获什么？

• 技术能力的提升：通过参与实际项目，你可以学习到新的技术和工具，不断提升自己的编程能力、设计能力和解决问题的能力；
• 团队协作能力的培养：在开源项目中，你需要与来自世界各地的其他开发者一起协作，这有助于培养你的团队协作和沟通能力；
• 建立个人品牌和信誉：在开源社区中，你的贡献和成果可以被其他人看到，这有助于建立你的个人品牌和信誉。这对于将来找工作和发展职业生涯非常有帮助；
• 扩展人际关系：参与开源项目可以结识到很多志同道合的朋友和专业人士，拓展你的人际关系网络。这对于未来的职业发展和合作机会非常有价值；
• 提高自学能力：在开源项目中，你可能会遇到各种各样的问题，这需要自己查阅资料、向他人求教，从而锻炼自己的自学能力；
• 了解工程实践：参与开源项目可以让你了解软件工程的实际操作，如版本控制、代码审查、持续集成等，为将来的职业生涯打下基础；
• 为自己的简历增色：在求职过程中，参与过开源项目的经历会让你的简历更加丰富，提高你的竞争力；
• 成就感和满足感：参与开源项目，贡献自己的力量，能为全球用户创造价值，这会带给你很大的成就感和满足感。

总之，学生时代参与开源项目建设对个人技能的提升、职业发展和人际关系的建立都有很大帮助，是非常值得尝试的一种学习方式。