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癌症基因测序选择简单指北 - 少数派
2023-05-04 · via 少数派

写了一篇简单的癌症基因测序选择指北,因为国内没有成熟的监管和资质评测系统,国内具有资质(通过室间质量评价)的检测机构的实际检测准确率、精确率和召回率不可查,可以根据以下几个简单的方向进行选择。

基因测序种类:

检测类型

特点

优点

缺点

PCR

一般为单一癌肿的热点突变基因,同时为靶向药物相关基因,可检测基因数为十几个

价格低(几百),针对性强,准确度高

不一定能测到患者的突变基因

小panel

一般为单一癌肿FDA/EMA等批准的靶向药物相关基因,可检测基因数为几十个

价格稍高(几千),针对性更强,能明确给出用药指导

无法覆盖罕见的基因突变,出现漏检

大panel

不仅涵盖小panel使用的药物相关基因,还包含Clinical Trail的药物、化疗药物及罕见突变相关的基因,可检测基因数为几百个

弥补上述两种检测类型缺陷(漏检、假阳性),可为罕见癌症寻找跨适应症用药

价格高(上万),检测出突变的基因不一定有靶向药物

WES

检测所有外显子基因

发现罕见突变位点

价格高,无法探测到突变频率低的基因

  • PCR:聚合酶链式反应。
  • panel:指在检测中可以同时检测多个位点、多个基因,这些位点和基因的组合就构成了一个检测Panel。
  • WES:全外显子测序。

如何选择:

价格:

不考虑价格直接选择大panel,想要性价比高选择PCR或小panel。

是否选择肿瘤组织和血液配对检测:

推荐选择血液和肿瘤组织的作为一对样本测序,血液样本作为对照组,可以获取遗传突变,相对于单独对肿瘤组织测序可排除种系突变(germline mutation)。

panel选择:

初期选择PCR或小panel测序指导用药,出现耐药或转移等病程加重后可选择大panel测序。如果肿瘤组织样本获取较难,选择大panel测序。

选择有精准医疗中心测序的医院还是与第三方合作的医院进行测序:

有自己精准医疗中心的医院检测费用相对会便宜,但国内已有精准医疗中心的几家医院的测序及分析技术不佳,存在比对病例改分析结果的可能;第三方检测价格相对昂贵,独立检测分析结果更可信。但总体来说国内缺乏监管,无论第三方还是医院均不提供测序原始数据,无法进行独立验证,虽然都通过了室间制评价,条件允许可以在多家测序进行交叉验证。

不推荐进行的基因测序项目(统称骗钱):

在现在的时间点上,ctDNA相关检测(如早检、MRD等),科研水平可以进行超灵敏分析,应用端不成熟,采样干扰因素多,预处理方法和分析方法不成熟。

由于国内对相关领域没有监管导致非常混乱,各个检测中心使用的方法和技术方法相差很大,数据分析能力不明,缺乏金标准,初期可以选择最便宜的PCR,准确度高性价比高。基因测序是肿瘤治疗过程中非常有效的辅助手段,也是精准医疗最基本的步骤,但是国内现在还是没法做到个性化定制,真实的做到了毫无性价比。

后记:因为好朋友突然确诊癌症,在帮她进行测序选择考虑的地方简单整理了一下。在对北京上海的几家医院的基因测序业务咨询了解后,因为无法拿到原始数据放弃了原本打算选择的WES测序,选择了PCR测序。