通常来说，一篇学术文章成品会包括这几个部分：
如果涉及到了数据的整理和分析，则还会有：
如果需要发表，或者是毕业论文，则还有：摘要（Abstract）。
还有一个不会出现在正文，却对成文至关重要的部分：大纲（Outline）。
如果让我没有大纲直接开始写论文的话，花费的时间要比有大纲再写更久。多出来的时间，花在了整理思路、逻辑，以及理清前后文的联系，并使其在文中能够呼应。
而在写作过程中，如果突然发现现有的文献和数据并不能支持这个论点，而死线迫在眉睫，再想出一个论点并搜集相关文献无疑要花费更久。
此外，大纲相比之下比较好写，一天，甚至一个下午就能写完。
放在一个时间段写作的好处就是，一切记忆都是新鲜的。读文献摘要的时候发现这一篇用在引言里恰到好处，文献的结论也可以为你的发现提供佐证，那在写大纲的时候可以把这两部分都写进去，并记下所需部分在文中的位置。
这样一来，写正文的时候就不会因为「我记得我看过，但我不记得是哪一篇了」而焦头烂额，把所有文献的摘要再读一遍。
正因如此，我在大纲里也会引用文献。边写边做记录，留下作者名、年份和页码，这样写的时候可以很方便地追溯到原文。加上每一种用处我都会用不同颜色高亮，用到的时候很快就能找到。
不论写什么，我的下笔的第一份文档一定是大纲，哪怕离截止期限只有一天也是如此。
我写大纲的先后顺序是：引言、（方法论、结果、）讨论、（摘要、标题），每个部分都是从骨架，在写的过程中慢慢生出血肉来。因为文章内容的多样性，所以这里只会涉及「引言」和「讨论」两部分。
大纲的形式可以是多样的：思维导图、纯文本，可以在电脑、平板和纸上写，一切看你的偏好，挑你最顺手的工具就好。
此处假定已经有了明确的选题。如果不知道怎么选题和读文献，可以参考前文：毕业论文选题+读文献指南。
在我这个领域，最常见的两个元素就是：疾病和药物。引言最初的骨架就是建立在这两个元素上的。
对科学文章来说，还要考虑前辈们的相关发现。这是对过往文献的回顾，也可以趁机引出自己文章所填补的研究空白。
这一个部分要写的内容在各个领域可能都不太一样，我写的是：
这里的说法是针对生命科学专业的。如果你的专业和这个不搭边，读一读本专业内的文章，交叉对比总结共性，然后按照其他作者使用的结构套在自己的文章上就可以了。
「引言」后的的「方法论」和「结果」部分与实验过程高度相关，每个人做的肯定都不太一样，所以遵循自己的研究过程写出来就好了。
「结果」中只有对于数据的罗列，「讨论」则是对这些数据的分析和探讨。我比较常用的思考方向有：
如果把搜集素材的过程也算进去，「讨论」其实是最早写作的那个部分。
在读文献的时候，我常常发现某一部分或许对我的文章有用，或者作者的分析给我提供了一个新的分析视角、切入方向。这个时候我就会用一个特定的颜色高亮引起我思考的这几句话，然后把我认为可以发展的方向记下来，加上原文信息和页码。
在写到「讨论」部分的大纲时，就可以翻出当时写的这些想法来。
写大纲时和最初读文献时的知识储备自然不可同日而语，有一些冒出的想法只是孤例，不够有说服力，故而舍弃；有些想法却有足够的文献支持，可以写进正文里。
写大纲的时候就可以对这些内容进行整理，有些证据不够强有力，或者可靠性存疑，就去找找文献，确保最后写进正文的内容都有足够的证据支撑。
除此之外，写「引言」的过程中也收集到了关于这个主题的更多、更详细的内容，它们或许也可以参与结果的讨论，这个时候也可以挑出合适的，收录进大纲。
筛选、舍弃的过程可能会很痛苦，但须知大纲是不完美的，永远都不可能完美，开始写作之后总要根据写作状况修改。可能是想出了更有力的证据，或许是调换文本顺序，一切皆有可能。如果出现了不完美的地方，不要太焦虑，改就是了。
以及，为保险计，大纲永远要比正文囊括的内容要多。
毕业论文的要求是六千词，我的大纲完全展开了写可以写出八千至一万词，但其中的很多内容都因为不够有说服力，或者与主题联系较弱而被我删掉了。这是我从以前写作的经验里总结出的经验，在写作过程中总能发现思考时找不到的不完美，之后补足完全来得及。
写完大纲后，如果有可能的话，把它交给导师看看是否有可以提高的地方。
除了导师之外，我还会把这篇文章的基本思路跟其他朋友讲一讲，希望借助别人的视角发现其中的问题。大致有以下三类：
和第一类朋友讲的时候，他们能帮忙发现专业相关的问题。比如「XX 的某个路径」可能在学界有了新的解释。
和第二类朋友讲的时候，他们能帮忙发现逻辑上的问题。比如两个论点之间的逻辑有一个小跳跃，对你来说可能太熟悉了，所以认为这一点并不重要。但对外行人来说，缺少着一个节点或许就影响了他们的理解。
和爸妈讲的时候，可以让他们听听我写的东西有没有科研界能懂，但是普通人听不懂的地方。比如森林图怎么读，这个发现对普通人来说有什么用……这些问题是教授可能在演讲和答辩时会问到的，提前准备有备无患。
这个方法是建立在我的文章不需要正式发表的基础上的。如果你的文章想要发表，或者更正式，要考虑到被人偷观点、抢发文章的风险，所以这个方法还请谨慎使用。
大纲写就之后，写起正文来的阻滞感就会少了很多。至少在写不下去的时候有足够的储备，可以换一个方向切入。
我的习惯是把写好的大纲打印下来放在屏幕旁边做参考。这么做的主要原因是我总觉得屏幕不够大，半屏文档半屏文献，没有大纲的地方。而纸质大纲放在手边可以解放屏幕空间，想要随手标记删改也很方便。
大纲是骨架，文章是血肉。写文章的过程就是把大纲里的短句扩展成有逻辑、有联系的段落的过程。
这个过程不是一蹴而就的，所以如果让我一定要说一个建议的话，就是不要太在意细节。
写初稿的时候，最好用自己熟悉的句型和词汇，重点是写明每句话的意思，而不是追求「这句话看起来就像是文献里的句子」。
比如在写作过程中有一个词死活想不出来，就不要纠结于找出那个词，找一个你能理解的解释写上去，留个记号后接着写后文，有空再来纠结。
这么做的原因，一是有些不会的东西不是你停在原地冥思苦想就能想出来的，二是这样很容易打断写作状态下流畅的思路，以至于想出那个词之后，后面的想法忘得七七八八，得不偿失。找语法词汇资料的时间多的是，写文过程中那样顺畅的 flow 却难得。
事实上，论文的各种句式和词汇都是有固定格式和搭配的。文献看得多了，就大概知道了「学术风格」是什么样子。如果依旧迷茫，还可以去文献中取材，借用他们的句子结构和词汇，填进你自己的东西。有了例句作参考，表意时想必也不会有太过分的偏差。
对于写作时的语言，我用到的：
和大纲一样，文章的第一稿永远不会是完美的。
我见过一句不怎么高雅但是很有道理的话，用来形容写作的过程非常合适：
写论文就是先拉屎，再给屎雕花。
所以如果时间足够，请不要大意地给改稿留下足够的时间！
我写论文的时间非常充裕，因此我改稿的周期大概是一周。这个时间足以让我忘掉文章中的大部分细节，但主要脉络还是胸有成竹的。
如果我在这期间冒出了新的想法、新的句式，我会把它们都记下来，通常是和大纲放在一个文档内。
无论在这一周之内冒出多少修改或创新的想法，我都不会去动文章。一周之后，开始改稿。
每次改稿，我至少要读三遍。
第一次读是过语言，把文字改成更有科研味的风格，在合适的地方用学到的新句式，然后过一遍 Grammarly 以确保没有时态和单复数这样的低级错误。
第二次读是审读文章的逻辑，是否前后通顺，各段之间的联系是否足够，观点是否只是用车轱辘话轮着说了一遍。
第三次读则是重新审读暂停期间冒出来的想法，看看它们是否与文章相关，能加入到正文中，加在哪里合适，怎么让新加的这一段和原文过渡合宜不突兀。这些新想法会随着时间推移渐渐减少，到了后期就并不是改稿过程中必要的一环了。
第四次读是在改稿次日，完成前一天留下的任务之后，再通读一遍全文，让它变成最舒服的状态。这样就算是一次改稿结束。
改稿次数越多，需要修改的地方越少，专注的就更多地是细节，而非全文大的逻辑结构了。
改稿的时候，我也会有意识地换不同的介质。换程序（Scrivener, LaTeX, Word, Pages, Sublime Text, ...），换载体（纸质、iPad、电脑、Kindle）。根据我自己的体验，换介质之后阅读的感觉也会不一样，有机会发现在之前的过程中忽略的一些细节。
在这期间，如果导师能帮忙看多个版本当然是更好，如果改稿次数有限制的话，我大概会在第二或第三次改稿之后交给导师看。那个时候逻辑的问题已经解决得差不多了，对文章的内容也渐渐熟悉，很难再想出新的观点加入正文了。等到导师的反馈之后，再做后续修改，如果有不确定的地方就和导师交流后再做决定。
对于所有的文档，备份永远不嫌多。毕竟如果文章真的不见了，重写的过程费时费力，十分痛苦。
因此，每改过一次，我都要手动整合一下现在的版本，在邮箱、云盘、本地、移动硬盘里面各存一份。虽然我至今没有过丢失文档的经历，但这种事还是能免则免。
勤存档也可能有意外收获，比如我在交了终稿之后对比了第一版和最后一版，确实发现了文笔和逻辑上的进步，给我带来了极大的成就感。如果有兴趣的话，不妨也做来试试？
对两千字以上的文章，我认为 Scrivener 是值得推荐的。
它和传统文档软件（如 Word）的区别是，在 Scrivener 里，写作可以不是线性的。
用 Word 写文章最舒服的顺序是从头至尾，引言一路写到结论，最后插入参考文献。
但我自己最舒服的方法并不是这样的。「实验结果」要和相应部分的「讨论」对照着写；写「讨论」的时候又发现为了前后统一，有些东西要加进「引言」才能逻辑通顺。
在 Scrivener 中，每一个文件或文件夹下都可以再下附许多文件/文件夹，且这些文件每一个都是独立的。
我给论文中的每个部分分了一个单独的文件，并且「结果」和「讨论」里面的每一个点都单独立了一个文件，为了方便检索和写作的时候相互对照。
而且软件自带分屏，所以同时写两个部分、两版文稿前后对照着写都不是问题。
此外，用 Scrivener 来记录写作过程中的一些想法也是非常方便的。右侧边栏有两个部分，分别是「概要（Synopsis）」和「笔记（Notes）」。
「笔记」这部分因为可以设定格式和超链接，所以我用它来记录各式各样的想法。比如上面提过的，阅读文献过程中的思考和发现，都被我放进了对应文档的边栏里，等到写大纲的时候再来整合。
因为习惯在纸质大纲上修改，所以「概要」部分大多时间被我用来存放写作过程中出现的问题，比如需要查的词汇或者概念；因为写的不算完善，所以在答辩时可能会被问到的问题。
还有一个根据截止日期设定每日目标的功能。
点击菜单栏的 Project → Show Project targets，里面可以设置目标字数，点击 option 还有更多选项，如截止日期、全文字数目标、计算出的每日目标字数，……等等等等。
另一个功能是相关统计（Statistics），可以看到文章中不同用词的频率、总字数、平均句长度、预计阅读时间之类的数据。对于语法还不熟悉的我来说，可以说是非常有帮助了！
在写作历史里，还可以看到每天写作的字数，以及每月统计。这些功能一方面可以监督我每天都写多少东西，另一方面也方便我把写作的过程当成一种拼字游戏，虽然到底有多有趣还待商榷。
当然，这里不得不提到 Scrivener 的许多缺点。
首先，它对中文的支持并不到位，用来统计的「词数」并不是中文的「字数」，而是要看「字符数」。如果使用中文写作，可能在统计方面有些出入。
其次，虽然提供 Dropbox 同步，但是每次同步都需要时间，常有冲突文件产生。对于只可能在电脑上写的论文来说，或许问题不大，但如果你非常依赖多端即时同步的话，可能就要三思了。
另外，如果想要插入参考文献的话，我并没有找到一个方便的使用方法，这也是为什么我会手写 citekey，这样终稿导入 LaTeX 时可以方便地使用 BibTeX。
对于需要 20 篇及以下参考文献的文章（通常是一千五百字以下的文章），我都是在网页上看文献然后插入正文的。对于写作软件也没有那么挑剔了。
Beanote 是一款 Chrome 插件，用途是高亮选中的字符高亮、搜索选中的内容，以及在网页上添加注释。1
在浏览器上栏点击图标，即可展示本页中有哪些高亮文字部分，点击即可跳转这段文字所在的位置。
另一栏展示的则是有哪些网页上的文字高亮了，点击就可以在新标签页中打开那个网页。2
在用网页读文献的时候，如果我发现了有用的句子，就会用 Beanote 将其高亮。
对于用在引言部分和讨论部分的内容，会使用不同的颜色。如果是需要引用正反方观点的文章，每一方的颜色也不一样。这样在查找的时候，直接看颜色就能分辨出用处，非常方便。
如果我有不懂的词语，或者有些概念可以继续深挖，我就会选中那部分后点击 [G] 图标，直接就能跳转到谷歌的搜索结果，比选中复制再搜索要快得多。
打开许多网页的恶劣后果除了电脑变慢之外，每个标签页的标题会因为空间不够被压缩，导致搞不清每一个网页都可以怎么用，以至于寻找的时候不得不每一个标签页都看一遍。
我选择给标签页分类。
这是 Chrome 的内置功能，选中顶栏的标签，右键点击「添加到新的标签页小组」即可。3
这里的分类标准和在文献软件里的分类没有太大区别，都是以正文中可能会用到的部分命名，预计在哪里用到的就放进哪个分组里。在写到那部分的时候，点开分组名即可展开，就很容易找到了。
本文介绍了我写论文的过程：先写大纲，经审读后开始写正文，并介绍了我在写作过程中认为有用的工具和APP。
最后附上我系统分析和荟萃分析的结构图，希望对你有帮助^ ^
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