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「文献写作工作流」001|Manucript的诞生 - 少数派
2023-09-24 · via 少数派

写在前面

  • 科研中,写作其实是非常重要的一环,就算分析会做,就算算法会整,不能够将自己的想法给清晰地reticulate出来,还是难免会有些折磨
  • 那么从日常的博客写作中,到底能够在“写一篇文章”上帮助到我多少呢?

我以一篇review的诞生为例。

idea的产生

“对一个领域的了解程度,至少需要对这个领域内的100篇经典文献完成阅读”。

100篇并不是一个强制要求的数目,但是侧面的说明了一个问题:

  • 这个领域内前人都做了些什么?
  • 这个领域内的热点和痛点是什么?
  • 这个领域内目前最大的challenges是什么?

那么针对写一篇综述的任务,就需要researcher对领域内的文章有一个非常inclusive的理解。

我的工作流:Zotero + Bette Notes(plugin)+ 思源笔记

分别简述一个这两个软件的好处,

Zotero:开源,足够多的插件满足我的需求;利用坚果云可以达到很好的跨设备同步,在工位就大电脑主力输出,如果离开工位,则可以使用另一部电脑来查看大电脑的文献笔记等

思源笔记:虽然typora很优秀,但是typora也仅仅只能作为markdown的编辑器来使用,并不是一个非常便捷的笔记管理软件。为了更好的实现第二大脑的概念,思源笔记就是我认为非常好的解决方案:

1)本地,重在写作,写在当下,这些都是非常重要的需求。Notion作为一款打开了笔记管理新时代的软件,打开速度让我感觉到很难受,所以就pass。但是不得不说,Notion的数据库功能是非常好用的,因此在文献条目以及笔记阅读等方面,我还是会采用Database + Tag的方式来管理文献。不追求可以的All in One,各取所需即可。

2)相对便捷的设备同步。利用阿里云、腾讯云等云服务,思源笔记也可以非常轻松的实现跨设备同步,但是由于是对整体进行上传,同步速度在wolai、Notion的比较上略逊一筹。

而我所采用的idea收集方式如下,

将Zotero中对应的条目直接复制到思源笔记当中,保存着跳转链接,这个可以让我非常好的对idea追根溯源

同时我以day为单位,每日对综述撰写的内容进行整理和不断补充,当素材足够的时候,即可以直接开始对应部分的撰写,而这两个超链接让我能够很好的找到出处。

做科研,出处是非常重要的。

manuscript的产生

而在思源笔记当中完成了对草稿的撰写之后,我才用的方式如下,

导出。让vscode的markdown做该做的事,

这部分内容实际上是思源笔记现在对citekeys并没有一个非常好的支持,但是D大也说了如果之后思源笔记的科研用户多了,或许会考虑对该功能的更好实现

Zotero Better Bibtex + Pandoc帮助生成word版本的manuscript

1)better bibtex的配置

  • citekey format的设置:该部分确定了之后在vscode中要如何对item进行引用

如何想要更好的达到或者说和google scholar保持一致,还有一些内容需要配置,

  • exclusive fields:去除掉导出的bib文件中不需要的field

postscript的设置,

别问,问就是抄的。该部分只保留对应的info,但是如果其中出现了中文,提取也会出现问题。目前最好的解决方案也还是使用connector添加item时,就对文献的year/Date进行修正,以免后期增多了之后,自己都懒得整理了。小习惯造就big success

if (Translator.BetterTeX) {
    if(tex.has['eventtitle']){
        tex.add({
            name: 'booktitle', 
            value: tex.has['eventtitle'].value
        });
        delete tex.has['eventtitle'];
    }
    if(tex.has['date']){
        tex.add({
            name: 'year',
            value: tex.has['date'].value
        });
        delete tex.has['date'];
    }
    if(tex.has['journaltitle']){
        tex.add({
            name: 'journal',
            value: tex.has['journaltitle'].value
        })
        delete tex.has['journaltitle'];
    }
    else if(tex.has['shortjournal']){
        tex.add({
            name: 'journal',
            value: tex.has['shortjournal'].value
        })
        delete tex.has['shortjournal'];
    }
    delete tex.has['shortjournal'];
}

2)markdown snippet

vscode能够有code snippet加快编程效率,那markdown照样也行,

markdonw.json的设置

start_paper中代表了一整个code snippet,prefix则是我们需要去定义的提示词

setting.json的设置。由于vscode中没有默认开启markdown的提示词,因此我们需要修改下,

3)pandoc

  • 一款过于经典的工具,各类格式转换都能完成,写这个软件的教授还不是计算机出身,哲学教授嗷!
  • 在此步骤中还可以加入目标期刊的文献要求格式
pandoc input.md \
-o test.docx --bibliography test1.bib \
--citeproc -M reference-section-title="Reference"

参考资料

  • 太懒了ORZ