具体折腾操作过程我自己也不记得了，再加上 LZ 用了比较不正常的东西……所以问题很可能是重现不了了。
宿主 Win10 x64 1803，VirtualBox 5.2.16 。
（还用了 VBoxHardenedLoader 来避免虚拟机检测，为了这个，宿主机还用 UPGDSED 关掉了 DSE 和 PatchGuard ）
虚拟机用的是 Win7 x64，虚拟磁盘用的是微软的 VHD 格式，而不是 VBox 原生的 VDI 格式。
因为没装虚拟机附加组件，不方便拷文件，就用了一种蛋疼的办法：
首先让虚拟机正常关机，然后在宿主机上双击挂载 Snapshots 里的 VHD，挂载完就可以执行拷进 /拷出文件，以及其他操作（比如先用 sdelete 把虚拟盘的可用空间清零，再把 VHD 压缩）。操作完后右键卸载 VHD，就可以再启动虚拟机了（如果不卸载也不能启动虚拟机，提示文件被占用）。
来来回回这么折腾几次后，似乎就开始出问题了：宿主机拷进 VHD 的文件，在虚拟机启动后，似乎是损坏的。
而且，有的时候（我记得好像是刚刚新建快照的时候），VBox 新建的差分 VHD 在宿主机是不能双击挂载的，会报错；只有正常启动过一次虚拟机、再关机，那个 VHD 才能正常在宿主机双击挂载。
光是这个可能还不算什么……有一次，虚拟机刚开始启动时，居然直接弹出“老人坐禅”的报错窗口，崩溃掉了……
我当时那个懵逼啊……虚拟机里各种折腾，比如 bootsect /nt60 sys /mbr，没用……最后发现问题好像是在 100MB 的那个“系统保留”分区上——这个分区是活动分区，存放的是 bootmgr、BCD 等引导文件——我把它格式化一次（非快速格式化），再重新 bcdboot，貌似就好了。
总之……我猜，要么是因为我在宿主机双击挂载 VHD 这个动作触发了 VBox 的 Bug ；要么就是 UPGDSED、VBoxHardenedLoader 的魔改导致了问题。
发到这里的意义可能也不是很大，大概只是想问问有没有别人也试过宿主机双击挂载 VHD 这种骚操作，然后碰到问题的……
此外，出现这个情况有点让我担心 VBox 的可靠性，因为我曾在一位大佬的博客上看到过疑似 VBox 出问题导致数据损坏的案例： https://ring0.me/2015/05/recover-code-from-corrupt-git-repo/