该动画讲述了在人类与人工智能的战争（即第三次世界大战，史称人机战争）后，人类败北，科技被锁定在 20 世纪 90 年代。
部分新生人类（新智人）在出生伊始，便被植入虚假记忆，在模拟环境中，供人工智能完成自身的参数优化（更多人的命运，参加沃卓斯基导演的另一部作品 —— 《 Matrix 》）。在某次全网升级过程中，由于不明原因，监控失效导致部分人类进入了因“日本沉没”造就的世界极东之地，也因而发现了事情的真相，越来越多的人加入了天网抵抗组织……
故事的主角，进藤光，在机缘巧合之下，获得了尚不具有联网功能的末代拟人化人工智能Ⅱ型，在其帮助下开始了围棋的学习之路。然而在人工智能的暗中运作下，使其接触到了抵抗组织的区域性网路系统，并通过数次进化，获得了联机的能力。
话说两头，进藤光在不断学习的过程中，终于成为了能够独挡一面的棋手。然而他所不知道的是，他与佐为再见之日，亦是 AI 大举入侵之时……
呜呼，光酱勉乎哉。