在项目中的CSS中添加下面的样式，就可以解决CalendarExtender被DropList遮挡的问题。
.ajax__calendar {
    position: relative;
    left: 0px !important;
    top: 0px !important;
    visibility: visible;
    display: block;
}
.ajax__calendar iframe
{
    left: 0px !important;
    top: 0px !important;
}

测试环境：WinXP SP2 IE6.0SP2

另外CalendarExtender本地化需要在ScriptManager 中添加
EnableScriptGlobalization="true" EnableScriptLocalization="true"